Durante los once años y medio restantes del gobierno de Nehemías, todas las cosas habían marchado bien. Exteriormente se habían conformado al pacto y el pueblo llevaba una vida relativamente próspera y sosegada. Sin embargo, después del éxito de su gobernación, Nehemías retornó a la corte del rey Artajerjes y permaneció en Babilonia hasta el año 32 del rey, (433 a.C.) (13:6,7). Y en cuanto Nehemías salió de Jerusalén, la lucha por el poder comenzó.

El sumo sacerdote Eliasib emparentó con Tobías, uno de los peores enemigos de Nehemías y aliado de los samaritanos, permitiéndole ocupar un lugar privilegiado en el recinto del templo. El pueblo de Dios nuevamente comenzó a extraviarse (13:8). Bajo esta influencia, los judíos empezaron otra vez a relacionarse con los samaritanos. Dejaron de pagar el diezmo e hicieron caso omiso del sábado. Nehemías volvió a emprender el difícil y frustrante viaje a Jerusalén. Entonces supo el mal que había hecho Eliasib por consideración a Tobías, haciendo para él una cámara en los atrios de la casa de Dios. “Y me dolió en gran manera; y arrojé todos los muebles de la casa de Tobías fuera de la cámara, y dije que limpiasen las cámaras, e hice volver allí los utensilios de la casa de Dios, las ofrendas y el incienso (13:8-9).

El hecho de que personalmente solicitara permiso para volver a Jerusalén nos hace comprender que él tenía conocimiento de lo que estaba sucediendo. A su llegada, comprobó que tanto el templo como los servicios de adoración, habían sido abandonados (13:11). Al buscar la causa de esto, comprueba que es la tolerancia a la maldad. Entonces tomó los pasos decisivos para corregirlo. Toda su acción requería de gran valor. Eliasib sabía muy bien que en Nehemías había encontrado alguien de mayor fortaleza que él. Nehemías tomó en cuenta las enseñanzas de la Palabra de Dios y manteniéndose dentro del ámbito de su autoridad, actuó con resuelta determinación. Teniendo conciencia de la causa primordial del descenso espiritual en Judá, él se preparó para rectificar los males que habían surgido. Comprobó que la porción correspondiente a los levitas, no les fue dada. El pueblo había perdido confianza en el sacerdocio y cuidaba únicamente sus propias necesidades, en consecuencia, la casa de Dios estaba abandonada.

Bajo su  fuerte liderazgo,  los sacerdotes y los levitas volvieron a sus funciones previas mientras que la suerte de Eliasib declinó y no pudo levantarse más. Él fue reemplazado por hombres de confianza seleccionados entre diferentes grupos (13:13) quienes fueron encargados de hacer una distribución justa y equitativa entre sus hermanos de la tribu sacerdotal. La tolerancia del mal produjo efectos dañinos entre la gente de las villas y el pueblo de Judá. Cuando los levitas se vieron forzados a abandonar la ciudad, la relajación se apoderó de la población. La apatía diseminó un espíritu de indiferencia y el sábado fue desechado.

También Nehemías comprobó que había hombres trabajando en los lagares en sábado. Vio que otros traían cargas de granos para ser negociadas en el mercado al día siguiente y que los hombres de Tiro vendían mercaderías, todo en el día sábado. La observación del sábado siempre había sido una piedra de tropiezo en el libre intercambio comercial entre los judíos y sus vecinos gentiles. Pero Nehemías se enfrentó a los señores de la ciudad quienes tenían mayor interés en la economía y los reprendió diciéndoles “¿Qué mala cosa es esta que vosotros hacéis, profanando así el día de reposo? ¿No hicieron así vuestros padres, y trajo nuestro Dios todo este mal sobre nosotros y sobre esta ciudad? ¿Y vosotros añadís ira sobre Israel profanando el día de reposo? (13:17-18). En su narrativa Nehemías nos cuenta que el último problema que tuvo que afrontar fue el del matrimonio entre judíos y paganos; el pueblo de Dios se relacionó y emparentó con familias que adoraban dioses falsos. Su deseo de obedecer a Dios y su celo por dar un buen ejemplo, se mantuvo sin fluctuar: "Y reñí con ellos y los maldije, y herí a algunos de ellos y les arranqué los cabellos y les hice jurar diciendo: “No daréis vuestras hijas a sus hijos, y no tomaréis de sus hijas para vuestros hijos, ni para vosotros mismos…Los limpié, pues, de todo extranjero y puse a los sacerdotes y levitas por sus grupos a cada uno en su servicio” (13:25-30).

Nehemías concluye su relato con una maravillosa y productiva vida, llena de fe, pidiendo a Dios lo que nosotros, sin lugar a dudas, también debemos pedir “Acuérdate Dios mío, para bien” (13:31).